杨过帮助巨蟒杀死大雕后，得数百年灵禽内丹一枚，与小龙女分而食之，不但解了情花毒，还武功大进，脱胎换骨，生出种种神通变化。最神奇之处，是能化成一对黑雕遨游天空，因此被人称为“神雕侠侣”。
神雕之死
杨过进入无名山谷，见一只粗壮男子大小的大雕，正在和一条成人小腿粗细的巨蟒打斗。大雕有钢铁一般的尖喙和利爪，每一啄一抓，都使巨蟒掉下一块血肉。无奈之下，巨蟒只好将大雕一圈一圈缠住，并不断收紧，试图让大雕窒息而死。这一招起到了一定的效果，使大雕的一双利爪派不上用场，尖喙也无从下口，登时落在了下风。
但那大雕显然颇有智慧，它自己虽然暂时攻击不到敌人，却能够不断飞身撞向尖锐的山石。这大雕怕是有二三百斤重，跑起来也是非常迅捷，因此撞了几次，巨蟒已是皮开肉绽，比刚才受伤更甚，几乎受不住剧痛，要松开大雕，掉落地下。
杨过看巨蟒明显落入下风，很快便要死在大雕之手，心中忽然想起一件往事。那个时候，杨过只有十岁，穆念慈已去世后，他举目无亲，只能在破败的铁枪庙栖身，乞讨度日。一日，杨过饿了整整一天，好不容易讨来一个馒头和半碗稀粥，找了一个墙角蹲下，准备填饱肚子，就跑过来一个膀大腰圆的成年恶乞，要夺走杨过的食物。杨过自然不肯，两人很快扭打成一团。
杨过清楚的记得，自己当时身材虽比同龄人要高，但太过瘦弱，根本不是那个恶乞的对手。但他为了保住自己的食物，紧紧缠在那恶乞身上，任他那砂锅大的拳头一圈圈打在背上，却死也不肯松手。
最后那恶乞无法，只好带着杨过向墙上撞，撞了几下之后，杨过终于支持不住，晕倒在了地上。不过那恶乞也被杨过吓得够呛，看到杨过倒下，他也怪叫一声跑了，也没拿走杨过讨来的食物。
杨过见这巨蟒面临的情势，与自己当年大战恶乞何其相似，同情之心油然而生。于是他捡起几块指头肚大的碎石，以“弹指神通”的手法射向大雕。大雕虽然皮糙肉厚，但中了“弹指神通”，仍不免痛得怪叫，左闪右避，无形中便放松了对巨蟒的摧残。巨蟒见状，便又收紧了身体挤压大雕，大雕被巨蟒缠得十分难受，忍不住张开大嘴呼吸。此时，杨过抓住机会，将一枚石子直射入大雕口中。
这也是大雕运气太差。杨过本因情花之毒身体虚弱，一身功夫发挥不了三成。但他施展了几下“弹指神通”之后，忽然领悟了其中精要，心神晋入了一种玄之又玄的境界。虽然这境界只维持了短短片刻，但已足够使杨过发出神之一击，准而又准的射入大雕口中，并透脑而出。
下一刻，大雕跌落尘埃，再也没有站起身来。杨过走近一看，它已经死得不能再死。杨过发出一声叹息，他看出这大雕颇有灵性，自己只有救蟒之意，并无杀雕之心，但如今却把大雕杀死，心中不禁生出了几分内疚。
脱胎换骨
但杨过毕竟懂得轻重缓急，此时刚出生的郭襄还在李莫愁手中，还是快快前去搜寻为是。杨过刚想动身，却听巨蟒发出几声“吱吱”声，并用大嘴去咬大雕的腹部。巨蟒咬了几下，似乎从大雕腹中取了什么东西，然后移身到了杨过身前，张开大嘴，将一只黑色的珠子吐到了杨过手中。
那黑色珠子不过核桃大小，隐隐散发着金光。这珠子看似死物，但杨过却感到其中有着澎湃的生命力，仿佛在掌中翻滚跳动，仿佛下一刻就会生出一对翅膀，飞向天空。杨过心中“砰砰直跳”，忽然想到少年时的一件事来。
那时，杨过刚被郭靖送到全真教，有一次他经过大殿，恰逢掌教马钰在为众人传道。马钰说，全真的道法，是纯阳真人吕洞宾传下的金丹大道。要想成就金丹，有三种方法。一是勤修道法，功到丹成，且是上品金丹;二是炼制丹药，以药成丹，这是中品金丹。这两种成丹方法虽然不同，但都称得上是金丹正道。但第三种方法，只能获得下品金丹，可说已沦入邪魔外道，万不可取。
马钰告诉众人，这第三种成丹之法，就是杀死天地间修炼成精的灵禽异兽，吃了它们修炼成形的妖丹。妖丹的原主人越强，其妖丹的效用就越强，一般都能大幅度提升功力，甚至脱胎换骨，但这妖丹的害处也十分明显，因为它们都带有原主人的特性，所以一旦服用之人压制不住其原主人的特性，便会变成原主人的形状。
大家试想一下，人类本已是万物之灵，无数禽兽刻苦修炼，就是为了化为人形，我们又何必为了成就下品金丹，冒着变成禽兽的风险呢?众人听到此处，纷纷称是，只有杨过浮想联翩，认为如果自己吃下一枚鸟儿的妖丹，变成一只鸟儿在天空飞翔，也比现在的处境强上百倍千倍。
这时，那条巨蟒又“吱吱”叫了几声，把杨过拉回现实。杨过看到自己手掌中就有一枚大雕的妖丹，吃下去就有机会解了自己的情花之毒，但很可能让自己变成一只大雕。但若不吃，自己也不可能去拿郭靖和黄蓉的头颅，去换情花毒的解药，自己和姑姑就死定了。
杨过思索了片刻，便将那枚大雕的妖丹放入了口中。他没有吞下去，是因为如果妖丹真的有效，还要给小龙女服用。妖丹一入口，杨过便觉得一股热流从中溢出，如泉流绵绵不绝，散入四肢百骸。他急忙因势利导，将热流注入经脉。一顿饭的功夫，十二正经已被扩大了两倍有余。紧接着，任脉督脉被打通，晋入无数武林人梦寐以求的先天境界。
不一会儿，丹田气海内真气已满，无以复加。这股热流又开始陆续改造五脏六腑、骨骼、血液和皮肤，使它们都达到了人类的极限。至此，杨过双目湛然有神，皮肤晶莹如玉，骨骼坚硬如铁。一掌打出，掌风所及之处，山石皆成碎末。随意一跃，已凌空五六丈高。而曾让他死去活来的情花毒，早已消失得无影无踪。
杨过心中一动，试演昔日所学的玉女剑法、打狗棒法等武功，皆如行云流水，圆融无碍。待一一试演完毕，他闭目沉思片刻，然后打出一套集掌法、腿法和轻功为一体的武功，共计九式，每式九招。为纪念大雕，杨过将其命名为“神雕九式”。
奇毒方解，神功又成。杨过心中畅意之极，忍不住纵声长啸，一时间山鸣谷应，惊起林鸟无数。无数鸟鸣之中，杨过听到一声女子的惊呼，马上确定了她的位置，飞身赶去，正是自己久寻不着的李莫愁。
神雕侠侣
杨过远远看到李莫愁，便屈指弹出一缕指风，制住了她的穴道，然后鬼魅般地飘到她身边，稳稳接住了郭襄。他不理李莫愁的叫骂，带着郭襄赶回了襄阳城，还给黄蓉。杨过满怀欣喜的去找小龙女，可是发现她已不辞而别。好在小龙女容貌气质非凡，十分引人注目，杨过一路打听，终于寻到蜘蛛洞外，发现小龙女正以“双手互搏”之术施展“玉女素心剑法”，对战金轮法王。
本来，金轮法王败相已显，但小龙女因杨过出现而分心，被金轮法王击成重伤。杨过见状含怒出手，“神雕九式”使到一半，金轮法王已轮毁人亡。潇湘子、尼摩星、尹克西见杨过如此神威，纷纷抱头鼠窜。杨过并不追赶，而是进入蜘蛛洞为小龙女疗伤。
杨过取出还剩下一半的大雕妖丹让小龙女服下，小龙女很快伤势尽复，脱胎换骨，武功也晋入了先天境界。两人分别多日，本想说些体己话，但这时已养好伤的周伯通过来纠缠不休。于是，杨过和小龙女相视一笑，携手飞身出洞，向远处奔去。
周伯通见状仍不识趣，施展轻功追赶杨过和小龙女。二人越跑越快，不知不觉间，黑色羽毛透体而出，变身为两只黑雕，冲天而起，直飞云端。两只黑雕比翼双飞，惬意之极，直飞到一处山林处，落地栖息。杨过微一动念，黑羽收入体内，又换回人形，再看身旁，小龙女也恢复原状，正笑意盈盈地看着他。
此后，杨过和小龙女携手行走江湖，行侠仗义，因两人所到之处，经常有一双黑雕遨游天空，所以被人们称为“神雕侠侣”。
数年后，杨过和小龙女回到古墓，在林朝英画像前结为夫妇。当夜，两人抵死缠绵，热情如火，连寒玉床都被捂热。
云停雨歇，两人紧紧相拥，良久后方起身梳洗。小龙女叹道，只恨那甄志丙，毁了姑姑的清白之身，委屈了过儿。杨过道，姑姑，过儿只要能和姑姑在一起，便心满意足，何必——话说到一半，忽然惊声问道，姑姑，你看那是什么?
小龙女顺着杨过所指的方向望去，只见红烛照耀之下，洁白无瑕的寒玉床上，不知何时多出了数朵梅花，殷红如血。
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